Nach dem Studium der Elektrotechnik und Promotion an der RWTH Aachen führte Jürgen Engemann ein Postdoc-Aufenthalt nach Kalifornien zu den IBM-Forschungslabors in San José. 1977 kam er als Oberingenieur nach Wuppertal. 1979 übernahm er am damaligen Fachbereich Elektrotechnik eine Professur für Grundlagen der Elektrotechnik, 1988 das Lehr- und Forschungsgebiet für Mikroelektronik. 2009 wurde er pensioniert.

An der Bergischen Universität baute Prof. Engemann zunächst eine der weltweit führenden Gruppen für die Erforschung und Entwicklung von Blochlinienspeichern zur Verarbeitung von digitalen Informationen auf. Technologische Notwendigkeit war seinerzeit bereits die Strukturierung magnetischer Materialien mit Ionenstrahlen und Plasmen. Dieser Bereich entwickelte sich zum zweiten Schwerpunkt seiner Arbeitsgruppe.

Während sich die Siliziumtechnologie in den 1980er Jahren gegenüber neuen Materialien in der Mikroelektronik durchsetzte, drang auch die Plasma- und Ionentechnologie in neue Felder vor. Die Plasmatechnologie fand rasch Anwendung in der industriellen Oberflächentechnik, vor allem der Beschichtung von Bauteilen, in der Abgasreinigung, bei Desinfektion und Sterilisation und in der Lichterzeugung. Das Forschungszentrum für Mikrostrukturtechnik erarbeitete sich eine international bedeutende Position auf wichtigen Gebieten der Plasmatechnologie und war später eine Keimzelle des interdisziplinären Zentrums „Institut für Polymertechnologie“ der Bergischen Universität. Von 2003 bis 2007 war das Forschungszentrum für Mikrostrukturtechnik am Sonderforschungsbereich 591 der Deutschen Forschungsgemeinschaft „Universelles Verhalten gleichgewichtsferner Plasmen: Heizung, Transport und Strukturbildung“ beteiligt.

Neben der Forschung war Prof. Engemann mit großem Engagement als Hochschullehrer tätig. Eine seine Studierenden mitreißende Lehre – wie ihm immer wieder bescheinigt wurde – mündete auch bei Abschlussarbeiten in einer Verknüpfung von Theorie und praktischer Umsetzung in Geräten und Anwendungen für konkrete technische Problemstellungen.

1991 war Prof. Engemann Mitbegründer der Plasmatechnologie-Initiative NRW (PLATIN NRW e.V.) und Gründer einer Spin-off Firma, der JE PlasmaConsult GmbH. Dieser und der Nachfolgefirma blieb Prof. Engemann auch über seine Pensionierung hinaus als geschäftsführender Gesellschafter verbunden. Prof. Engemanns Wirken war stets eine Synthese von Forschung, Lehre und wirtschaftlicher Umsetzung neuer Technologien und dies immer auch ausgerichtet auf eine gezielte Förderung des ingenieurwissenschaftlichen Nachwuchses. So war er viele Jahre lang Mitglied der Jury des Bennigsen-Foerder-Preises des NRW-Wissenschaftsministeriums. Viele seiner Absolventen sind heute in Führungspositionen der Industrie tätig.

Die Partner-Universitäten in Košice (Slowakei) und Gomel (Weißrussland) verliehen ihm die Ehrendoktorwürde. Prof. Engemann war lange Zeit Mitglied und Vorsitzender zahlreicher Evaluierungskommissionen des Wissenschaftsrates, der Leibniz-Gemeinschaft, der Helmholtz-Gesellschaft sowie nationaler und internationaler staatlicher Fördereinrichtungen. Der hoch angesehene Wissenschaftler war außerdem mehrere Jahre Mitglied der Vollversammlung der Industrie- und Handelskammer Wuppertal-Solingen-Remscheid.